12 czerwca 1999 roku zamojską Katedrę odwiedził Ojciec Święty – papież Jan Paweł II.
Początki świątyni
W 1587 r rozpoczęto budowę Kolegiaty, a 5 grudnia 1594 r papież Klemens VIII zatwierdził ją, a dodatkowo ustanowił przy niej Kapitułę Zamojską. Fundator Kolegiaty – hetman Jan Zamoyski sprowadził do świątyni relikwie Św. Tomasza Apostoła oraz rąbek szaty Najświętszej Maryi Panny z kościoła Św. Anastazji w Rzymie. Kolegiacie nadano wezwanie Zmartwychwstania Pańskiego i Jego świadka – Św. Tomasza Apostoła. Świątynia miała być wotum wdzięczności za zwycięskie bitwy hetmana oraz mauzoleum rodu Zamoyskich.
Słynny Obraz
18 listopada 1637 r Kolegiata została konsekrowana, a od 19 lutego 1803 r znalazł tutaj schronienie szczególny Obraz Matki Bożej Zamojskiej (Hetmańskiej), który od połowy XVIII wieku cieszył się niezwykłym kultem wiernych. Ściągał on do Kolegiaty tłumy wiernych. Cudowne uzdrowienia, zatwierdzone nabożeństwo i odpust ku czci Narodzenia MB ożywiło życie religijne w Zamościu. Co roku 8 września w dniu odpustu parafianie i pielgrzymi licznie gromadzą się przed Łaskawą Matką Opieki zwaną Odwachowską. Do dnia dzisiejszego napływają tu wota i świadectwa otrzymanych łask oraz wysłuchanych modlitw.
Obraz słynący łaskami
25 marca 1992 roku spełniły się marzenia kanclerza koronnego Jana Zamoyskiego i Kolegiata została podniesiona do godności Katedry nowej diecezji zamojsko-lubaczowskiej.
Katedra jest budowlą bazylikową o trzech nawach, otoczonych wieńcem kaplic. Zawarta jest w niej bardzo bogata symbolika ideowa i liturgiczna. W kaplicy Zamoyskich spoczywają szczątki założyciela miasta, a w podziemiach znajdują się prochy rodu Zamoyskich od XVI po XX wiek.
